Die wissenschaftliche Pathologie an der Charité begann im Jahre 1831 mit der Einrichtung einer Prosektur. Nach der Berufung von Rudolf Virchow (1821-1902) auf den Lehrstuhl für Pathologische Anatomie an der Charité erfolgte 1856 die Gründung des ersten Pathologischen Instituts in Deutschland. Das Institut befindet sich noch heute in dem von Virchow initiierten, 1906 fertig gestellten Gebäude, das jetzt den Namen "Rudolf-Virchow-Haus" trägt.

Die von Virchow begonnene Sammlung pathologischer Objekte ist heute als Berliner Medizinhistorisches Museum öffentlich zugänglich.

Im Jahr 1999 begann die grundlegende Rekonstruktion des Gebäudekomplexes, die sich an den Erfordernissen moderner mikroskopischer und molekularpathologischer Diagnostik und Forschung orientiert.