MYC

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"Next-Generation"-Sequenierung von MYC-DNA-Bindungsstellen in Burkitt Lymphomen

MYC ist ein zentraler Transkriptionfaktor bei zellulären Prozessen wie dem  Zellzyklus, der Histon-Acetylierung oder der ribosomalen Biogenese. MYC ist in den meisten humanen Tumoren überexprimiert. Ein prominentes Beispiel hierfür sind Burkitt Lymphome (BL), welche eine MYC-Translokation aufweisen. Bisher wurden jedoch in BL MYC-Bindungsstellen nicht mit einer Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) in Kombination mit einer Next-Generation-Sequenzierung (ChIP-Seq) analysiert.

Wir führten eine ChIP-Seq Analyse mit einem MYC-spezifischen Antikörper an 5 BL Linien durch. Dies ergab 7,054 MYC-Bindungsstellen nach einer bioinformatischen Auswertung von mehr als 19 Millionen Sequenzen.

In Übereinstimmung mit anderen Analysen fanden sich MYC-Bindungsstellen signifikant häufig in Genen, die am Zellzyklus, der ribosomalen Biogenese oder in Acetyl- und Methyltransferase-Komplexen beteiligt sind. Unerwartet fanden sich MYC-Bindungsstellen auch in vielen B-Zell-relevanten Genen, wie z.B. dem B-Zell-Transkriptionfaktor PAX5.

Um zusätzlich die funktionelle Konsequenz der MYC-Bindung zu analysieren, wurde MYC mittels einer siRNA herunterreguliert und die Auswirkung auf mittels Genexpressions-Analyse bestimmt. Interessanterweise wurden durch das Blockieren von MYC neben anderen Genen auch B-Zell-relevante Gene signifikant hochreguliert.

Zusammenfassend erweitern die 7,054 MYC-Bindungsstellen das bisherige Wissen über MYC-Bindungen in BL und untermauern die enorme Komplexität des MYC-Netzwerkes. Besonders unsere Beobachtung, dass (i) viele B-Zell-relevante Gene in BL MYC-Zielgene sind und, dass (ii) B-Zell-Gene nach einer Herunterregulation von MYC signifikant aktiviert werden, beleuchtet einen interessanten Aspekt der BL Biologie.

Im weiteren Verlauf des Projektes sollen MYC-ChIP-Seq-Analysen an Zelllinien des diffusen großzelligen B-Zell-Lymphoms und des klassischen Hodgkin-Lymphoms durchgeführt werden.

Literatur zum Projekt

Seitz V, Butzhammer P, Hirsch B, Hecht J, Gütgemann I, Ehlers A, Lenze D, Oker E, Sommerfeld A, von der Wall E, König C, Zinser C, Spang R, Hummel M. Deep sequencing of MYC DNA-binding sites in Burkitt lymphoma. PLoS One. 2011;6(11):e26837. doi: 10.1371/journal.pone.0026837. PMID:22102868

Gefördert durch die Deutsche Krebshilfe "Molecular Mechanisms in Malignant Lymphoma", Teilprojekt B2