Liquid Biopsies

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Liquid Biopsies

Die Zulassung des Tyrosin-Kinase-Inhibitors Osimertinib, zur Behandlung von Patienten mit fortgeschrittenem Nicht-kleinzelligem Lungen-karzinom (NSCLC), führte zu einer verstärkten Nachfrage von EGFR p.T790M Mutationsnachweisen in der molekularpathologischen Diagnostik. Flüssigbiopsien ("Liquid Biopsies") ermöglichen den Nachweis anhand zellfreier, zirkulierender tumor-DNA (ctDNA), sind minimal-invasiv und können eine Alternative zur herkömmlichen Gewebebiopsie sein. Das Ergebnis der Untersuchung von Flüssigbiopsien wird von vielen Faktoren beeinflusst, deren genaue Zusammenhänge weitgehend ungeklärt sind. So hängt der Ausgang der Untersuchung unter anderem ab vom

  • Zustand des Patienten (Art und Größe des Tumors, Metastasen, Operationen, Flüssigkeitshaushalt, Therapie- und Infektionsstatus),
  • der Blutabnahme (Röhrchen und Nadel, äußere Bedingungen, Lagerung, Hämolyse),
  • der Extraktionsmethode (diverse Protokolle, Plasmamenge und -Lagerung, Fragmentlängen, Elutionsvolumen, Proteinaseverdau),
  • der Sequenzierung (NGS-Sequenziersystem und -tiefe, Genpanel) und der Auswertung.

Um die molekulare Untersuchung der Flüssigbiopsien sowohl für standortübergreifende DKTK-Projekte als auch für die lokale molekulare Diagnostik zu vereinheitlichen, testen wir mittels zahlreicher Versuche einige der genannten Parameter (Verdünnungsreihen mit Spike-in-Kontrollen, synthetisches Plasma, verschiedene Blutabnahme-Röhrchen, Proteinase-Verdau, etc.) und bestimmen damit deren Auswirkungen auf die Vergleichbarkeit der Ergebnisse. In besonderem Fokus steht dabei der sensitive Nachweis der EGFR p. T790M Mutation, für den wir unterschiedliche Genpanel (mit und ohne molekularen Sequenzkennungen) für das Ion S5 Sequenzersystem miteinander vergleichen.

Publikationen

Vollbrecht C, Lehmann A, Lenze D, Hummel, M. Validation and comparison of two NGS assays for the detection of EGFR T790M resistance Mutation in liquid biopsies of NSCLC patients. Oncotarget. 2018; 9:18529-18539. Pubmed

Fassunke J, Ihle MA, Lenze D, Lehmann A, Hummel, M, Vollbrecht, C, Penzel R, Volckmar AL, Stenzinger A, Endris V, Jung A, Lehmann U, Zeugner S, Baretton G, Kreipe H, Schirmacher P, Kirchner T, Dietel M, Büttner R, Merkelbach-Bruse S. EGFR T790M mutation testing of non-small cell lung cancer tissue and blood samples artificially spiked with circulating cell-free tumor DNA: results of a round robin Trial. Virchows Arch. 2017 Sep 8. doi: 10.1007/s00428-017-2226-8. Pubmed