Rolle von Runx1 bei der T-Zellrezeptor beta Umlagerung
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Analyse der Rolle von Runx1 bei der T-Zellrezeptor beta Umlagerung
Runx Proteine (Runx1-3) sind evolutionär konservierte Transkriptionsfaktoren, welche u.a. essentiell für die Knochen- und Blutbildung sind. Weiterhin wurde eine Rolle von Runx Proteinen bei der T-Zellentwicklung beschrieben. Durch bioinformatische Analysen konnten wir Runx1 Bindungsstellen direkt an der Initiationsstelle der T-Zellrezeptor beta Umlagerung nachweisen. Um zu untersuchen, ob Runx1 als Rekombinase Kofaktor direkt beim Prozess der T-Zellrezeptor beta Umlagerung beteiligt ist, analysieren wir in diesem Projekt das T-Zellrepertoire mit Hochdurchsatz-Sequenzierung in einem Runx1 knockout Mausmodel im Vergleich zum Wildtyp.
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Publikationen
Seitz V, Scharper S, Dröge A, Lenze D, Hummel M, Henning S. A new method to prevent carry-over contaminations in two-step PCR NGS library preparations. Nucleic Acids Res. 2015 Nov 16;43(20):e135. doi: 10.1093/nar/gkv694. PubMed
Hecht J, Stricker S, Wiecha U, Stiege A, Panopoulou G, Podsiadlowski L, Poustka AJ, Dietrich C, Ehrich S, Suvorova J, Mundlos S, Seitz V. Evolution of a core gene Network for skeletogenesis in chordates. PLoS Genet. 2008 Mar 21;4(3):e1000025. doi: 10.1371/journalpgen.1000025. PubMed
Stricker S, Poustka AJ, Wiecha U, Stiege A, Hecht J, Panopoulou G, Vilcinskas A, Mundlos S, Seitz V. A single Amphioxus and sea urchin runt-gene suggests that runt-gene duplications occured in early Chordate evolution. PLoS Genet. 2008 Mar 21;4(3):e1000025. doi: 10.1371/journalpgen.1000025. PubMed